本文標題："古DNA或現代DNA序列測定時(shí)進(jìn)行直接測序實(shí)驗"
發(fā)布者：yiyi ------ 分類(lèi): 行業(yè)動(dòng)態(tài) ------
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古DNA或現代DNA序列測定時(shí)進(jìn)行直接測序實(shí)驗
除非有非常重要的理由需要克隆PCR產(chǎn)物，一般來(lái)說(shuō)，PCR產(chǎn)物應該直
接測序?？寺∈菑臄U增產(chǎn)物中抽取單個(gè)的分子。這些單個(gè)的分子可能含有
錯誤的擴增及重組DNA片段(P~bo，1990；Handt efa／．，1994b；Golenbe
rg efa／．，1996)或者外源DNA的污染(Handtera／．，1994b；Krings ec
a／．，1997)。每一個(gè)克隆含有相同幾率的擴增誤差，因而，對序列變異
的最終了解決定于克隆取樣的多少和策略。根據是否為真實(shí)的序列的預先
假設而去掉一些克隆，而保留另外一些克隆的做法(Handt efa／．，1994b
~Krings efa／．，1997)，盡管有些偏頗，但是可以理解的，并且是合理
的。事實(shí)上，這個(gè)標準也適于在古DNA或現代DNA序列測定時(shí)進(jìn)行直接測序
或克隆測序。擴增片段大小不對或明顯是錯誤基因的擴增產(chǎn)物通常被標記
為PCR誤擴增或假結果。另一方面，接受一些克隆，則問(wèn)題更為復雜并有待
于合理的解釋。例如，假定大多數獲得的序列是真實(shí)的而小部分是污染的
序列就忽略了這樣一個(gè)事實(shí)，即已知的PCR產(chǎn)物的數量與污染程度、模板總
數以及與引物互補的特異序列之間差異有直接的聯(lián)系，而不是與實(shí)際的真
實(shí)性相關(guān)。直接對PCR產(chǎn)物進(jìn)行測序基于這樣的認識，除非擴增錯誤是在起
始模板分子很少的首輪PCR循環(huán)中形成的，單個(gè)擴增錯誤在序列中是近乎隨
機的，并且在終產(chǎn)物中的頻率較小。由“jump PCR'’(門(mén)脅o efa／．，19
90)產(chǎn)生的拼合也是如此。因此，大多數的由多聚酶造成的錯誤可以檢測出
來(lái)，
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